Voici une petite liste de quelques outils, online généralement, pouvant servir à centraliser vos idées pour mieux les organiser, et pouvoir collaborer dessus si vous travaillez en équipe à distance. C'est sans prétention aucune, la plupart sont assez connus, surtout que parfois un crayon et du papier suffisent. N'hésitez pas à partager les votre.

Trello
Imaginez un mur avec plein de post it sur lesquels sont notées vos idées, les choses à faire, faites, etc. Le tout en ligne dans votre navigateur/mobile (une chrome app existe également) avec plein d'options pratiques, notamment pour bosser à plusieurs (assignation, notification, labellisation, commentaires...).

Google Drive
Tout le monde connait déjà. Tjs pratique surtout pour travailler à distance à plusieurs sur des mêmes doc. Plus toute la clique (agenda, keep, ...).

Draw.io
Pour créer des schémas en tout genre, maquettes, etc. Il me semble qu'on peut l'utiliser simplement sans compte, on peut aussi le lier à Dropbox ou Google drive (ce qui permet de travailler je crois en collaboration). On peut ensuite exporter dans divers formats.
Je ne l'ai pas trop utilisé jusqu'à présent, mais je n'ai pas vu grosse limitation.

Cacoo
Très semblable à Draw.io, mais il faut un compte. Les documents sont éditables en collaboration avec un chat intégré. La version gratuite est suffisante pour bosser un petite équipe et créer une vingtaine de schémas, si cela n'a pas changé.

Inno Setup
Si vous exportez des versions desktop et que vous voulez créer un installateur(installer) de votre jeu, Inno Setup le fait très bien, et ce gratuitement. Il permet tout plein de choses. De nombreux logiciels s'installent grâce à lui.
Un tuto pour les bases
Un tuto plus avancé

Dropbox, Cubby, Copy
Et tous les autres services de sauvegarde/partage en ligne (in the cloud!). Parce qu'on sait jamais, et qu'il vaut mieux avoir plusieurs sauvegardes de tout son travail pour ne pas pleurer le jour où le disque dur rend l'âme.
Dropbox est bien pour partager un jeu exporté au format HTML car il permet la lecture des fichiers html dans le navigateur.
Copy propose par défaut un gros volume de stockage et possède une bonne interface web (et un versioning moins limité que dropbox en version gratuite je crois).
Contrairement à ces 2 derniers, Cubby se démarque par la possibilité de partager n'importe quel dossier de son ordinateur. Ce qui évite de devoir bosser directement dans le dossier de partage (ou de le copier/coller à chaque fois, ou de configurer un système tiers pour le faire automatiquement) pour le sauver en ligne. Le versioning de Cubby est illimité ce qui permet de retrouver tout l'historique de chaque fichier.

Screenr
Pour faire des screencasts de vos jeux rapidement (si le plugin java n'est pas détecté, configurez les options de sécurité Java en ajoutant http://www.screenr.com aux exceptions).

Personnellement j'utilise également Git (avec Smartgit) pour versionner mes projets, en mettant en ligne sur Bitbucket (comme GitHub mais les comptes gratuits sont privés et non publics). Bon ça exige une certaine gymnastique au départ, c'est juste du bonus pour les connaisseurs (surtout que Cubby par exemple le fait mais dans une certaine mesure - par fichier et non par étape d'avancement du projet). Par contre si vous bossez à plusieurs sur les mêmes fichiers d'un projet un tel système peut être salvateur. Mais j'ai cru voir un autre sujet du forum qui aborde ça plus en détail.

Voilà j'espère que ça pourra servir à certains. Sur ce, allons faire des crêpes !