Salut,
Je vais être un peu dur, mais à mon avis tes questions n'ont pas vraiment de sens.

1- faire des passages de niveaux via des tableaux (ou n'importe quoi d'autre: portails, téléports,...) est dans l'absolu parfaitement trivial et ne requiert rien de plus que les bases qui permettent de réaliser un jeu. Sauf que ces bases, elles ne sont pas forcément simple à acquérir... Donc tout est très relatif, et dépend de ton "niveau" en terme de développement, et aussi des outils que tu comptes utiliser (C++? Unity? ...).

2- il est évidemment possible de méler 2D et 3D, mais il faudrait quand même savoir ce que tu entends précisément par là parce que tel quel, ça reste vague. Sache quand même que représenter un objet 2D (un sprite quoi) au sein d'un référentiel 3D est là encore quelque chose d’extrêmement basique, et qui a à peu près toujours été fait (dans les premiers shooter 3D à commencer par Wolfenstein 3D, tous les objets et ennemis étaient des sprite, et ça à peu près toujours été le cas jusqu'à ce que Quake impose un nouveau standard du full-3D, mais même de nos jours les sprite restent de mises, au moins pour les effets de particules, d'explosion, etc.)


Wolfenstein 3D: l'arme, les ennemis, les éléments de décors (lampes, cages,...) sont des sprites

Enfin, à mon sens tu ne te poses absolument pas les bonnes questions, et surtout tu ne raisonnes pas du tout dans le bon sens.

La première chose sur laquelle tu dois te pencher, en tant que débutant, c'est l'apprentissage des outils qui te permettront de développer ton jeu. Cela dépend de deux grands axes je pense:
1- le jeu en question (type de jeu? type de représentation: 2D ou 3D? ...)
2- tes connaissances actuelles et ta capacité/volonté à en apprendre plus (notamment: apprentissage d'un langage de programmation, volonté de coder ou à l'inverse de n'avoir surtout à rien coder,...)

Et une fois que tu auras choisi tes outils de développement et que tu auras appris à les utiliser, tu auras naturellement obtenu les réponses à tes deux questions du jour.

Tout comme Nival je pense que tu prends les choses dans le désordre

Est-ce facile ? oui, non, peut être. Tout dépends de ton moteur, de tes connaissances .. je ne vais pas écrire à nouveau ce que Nival a si bien expliqué.

Explique nous mieux ta demande et nous pourrons surement t'aider.

Si tu "maitrises un peu" Unity, ça doit être extrêmement simple de changer de niveau quand tu cliques sur quelque chose (un tableau).
Quand bien même tu voudrais passer à travers un tableau comme dans Mario 64, si t'as déjà un Mario64-like qui tourne c'est simplissime.

Le HTML et le CSS ne sont absolument pas des langages de programmation.

@Alayric : théoriquement, tout langage informatique est un langage de programmation du simple code de calculatrice au C# en passant par tout le reste. Mais je comprends ce que tu veux dire.

Html5, qui est souvent un amalgame en html5, css3 et javascript, commence à permettre la réalisation de pas mal de chose intéressante dont la réalisation de petits jeux et permet même l'utilisation de la 3D. C'est une techno encore jeune (finalisée en octobre 2014 de mémoire) mais prometteuse.

Ensuite vis-à-vis de ta présentation Anarchonos j'ai l'impression que tu mets la charrue avant les boeufs et que tu essaies peut être de te lancer dans quelque chose de trop gros pour toi.

Essaie de voir quel est le moteur qui correspondra le mieux à tes attentes puis apprend à l'utiliser via tutoriaux & co avant de te lancer dans ton projet à proprement parler.

Pense à une chose cependant : Personne ne peut créer le jeu parfait, le livre parfait, le ... parfait lors de leur premier projet. Ne perds pas ton temps à polir une idée sur le papier, pose une idée très simple sur le papier et lance toi.

Tu vas te planter, présenter des petites choses mal finies etc. Certaines personnes te diront que c'est génial ce que tu arrives à faire, d'autres démonteront ton projet en se concentrant sur tes erreurs. Apprécie les premiers mais écoutent plus les seconds, plante-toi et apprends de tes erreurs, c'est le meilleur moyen de progresser.

Bon courage

théoriquement, tout langage informatique est un langage de programmation

Le HTML5 non, le javascript oui.

Comme le sous-entend Alayric, vues les question que tu poses, ton degré de "maitrise" d'Unity doit être très faible...

Je connais pas beaucoup la mise en pratique de ce moteur, mais tu dois pouvoir définir plusieurs "caméra", une pour le joueur se déplaçant en vue subjective dans le "musée", et l'autre qui pourrait gérer les séquences en 2D, et tu doit pouvoir passer d'une à l'autre, ou encore mixer les deux (le jeu 2D apparaissant dans le tableau au sein de la vue 3D).

Enfin, comme tu n'as pas peur de te lancer dans l'apprentissage de langages de programmation, ça tombe bien parce que toute la puissance et souplesse d'Unity se trouve dans ses possibilités de scripts: buche ça de façon approfondie, et toutes tes questions devraient trouver réponse .

Tu dois pouvoir commencer ici:
https://unity3d.com/learn/tutorials/modules/beginner/scripting

je trouve que je m'éparpille un peu trop vite sur toutes les facettes du jeu ...

Alors attention, d’expérience LE truc pour espérer mener à bien un projet, c'est d'avoir les idées claires à son sujet!! Bien cerner quelles mécaniques on va mettre en place, comment elles s'articulent, et l'algorithmie sous-jacente!
Pour moi, tout commence avec du papier et un crayon, des schémas, des listes de variables griffonnées dans la marge,...

Ce n'est surement pas suffisant, mais à mon sens indispensable.